For ti år siden i Fuyuki City, var en ung dreng fanget i en massiv inferno, der forbrændes hans forældre og forbruges en stor del af byen; da han var ved at dø, sparer en mand ham. Nu er denne dreng, Shirou Emiya, er en amatør mekaniker, der går i skole på Homurabara Gakuen. Shirou synes også at være ganske lidt af en tryllekunstner, men hans evner er ingen hvor nær niveauet for hans afdøde fars. I mellemtiden er byen begyndt at være plaget af gas udslip og drabssager og med Shirou følelse af retfærdighed begynder at sparke i, hvad der kunne nogen som ham eventuelt gøre?