Nach zweieinhalb Jahren kehrt Naruto in sein Dorf zurück und wird dort freudig aufgenommen. Viel hat sich verändert, so ist zum Beispiel Gaara zwischenzeitlich ein Kazekage geworden. Doch es bleibt nicht lange friedlich, denn zwei Mitglieder des Akatsuki-Clans, Deidara und Sasori, sind darauf aus, Gaara zu entführen und ihm seinen Biju-Geist zu entreißen.