Zwei Agenten mit sehr unterschiedlichem Hintergrund tun sich zusammen, um Fälle zu lösen, die das FBI als X-Akten bezeichnet und die paranormale oder unerklärliche Phänomene betreffen. Beide sind entschlossen, verborgene Wahrheiten aufzudecken - der eine auf der Suche nach jenseitigen Antworten, der andere nach eher erdgebundenen wissenschaftlichen Erklärungen. Gemeinsam werden sie Entdeckungen machen, die sich keiner von ihnen je hätte vorstellen können.