Con la aparición del misterioso Servidor de la clase Archer, Saber le dice a Shirou que escape mientras lo mantiene ocupado. Sin embargo, Shirou, sabiendo que Saber no pudo derrotarlo antes, tontamente intenta atacarlo de frente y con el chasquido de sus dedos Shirou es rápidamente derrotado. Will Saber tendrá la fuerza para derrotarlo, sobre todo ahora que conoce su verdadera identidad; dueño de todos los tesoros del mundo, el Rey de los Héroes de la antigua Uruk, Gilgamesh. Kirei Kotomine también parece jugar un papel importante en la Guerra del Santo Grial y no es porque sea el mediador.