Trois années se sont écoulées depuis l'assaut sur la planète Muunilinst. Le général Grievous est devenu un redoutable adversaire, l'armée des clones subissant d'importants revers face à lui. La nécessité faisant loi, Anakin passe une dernière épreuve impromptue sur la planète Nelvaan afin d'être consacré définitivement chevalier Jedi. Pendant ce temps, l'armée Séparatiste décide de s'attaquer à Coruscant avec comme principal objectif l'enlèvement du Chancelier Palpatine...