En 2015, les X-Files n'existent plus depuis 2002, Mulder et Scully ne vivent plus ensemble. Mulder désillusionné par l'absence de preuves lui permettant de prouver l'existence d'un complot alien a perdu la flamme qui l'animait, et Scully travaille comme chirurgien dans un hôpital. Skinner, toujours directeur adjoint du F.B.I, les contacte, à la demande de Tad O'Malley qui souhaite les rencontrer. O'Malley est un journaliste conspirationniste de droite qui a une émission très suivie sur internet. O'Malley leur fait rencontrer Sveta, une jeune femme qui a de nombreuses fois été enlevée par les aliens et a même enfanté pour eux. Mulder s'anime à nouveau, retrouve la foi, ce qui fait peur à Scully.