Akira est revenu vivant après avoir vaincu Beta, mais Tokyo est bientôt la cible d'une attaque informatique à grande échelle. Il plonge dans le réseau avec les clones d'Ygg pour en découvrir la cause et combattre les ennemis qui s'y trouvent, mais pendant ce temps, le piratage s'étend au monde entier. Il prend le contrôle de bases militaires et lance une volée de missiles balistiques intercontinentaux, cherchant à détruire le monde entier. Afin de sauver l'humanité, Akira prend une décision née de l'amour.