Főhősünk még csak tíz éves, de már majdnem biztos benne, hogy a Mikulás nem létezik és a karácsony csak a szülők trükkje, amikor az éjszaka közepén, hatalmas robajjal csillogó fekete vonat áll meg közvetlenül a házuk előtt. A kalauz azt mondja, egyenest érte jöttek. Miután hitetlen hősünk habozva felszáll, a Polar Expressz pöfögve megindul: apró, pizsamás utasaival az Északi-sarkra, hogy részesei lehessenek annak az ünnepi pillanatnak, amikor a Mikulás a manók jelenlétében átadja az általa választott gyermeknek az első karácsonyi ajándékot.