La Divisione è tornata, ma in una veste tutta nuova e soprattutto con un nuovo scopo. A capo di tutto c'è Ryan, amico fidato di Nikita, e il team si è allargato con l'acquisizione di Sonya (informatica come Birkhoff, col quale avrà un coinvolgimento sentimentale), e, successivamente, di Owen (ripulitore della ex Divisione ora amico di Nikita). Sean decide di allontanarsi temporaneamente dalla Divisione lasciando ad Alex un ultimatum o la Divisione o lui. Michael e Nikita fanno un'importante passo avanti nella loro relazione, ma l'idillio è destinato a non durare. Michael infatti è coinvolto in un incidente e Nikita per salvargli la vita è costretta a tagliargli la mano destra. Questo porta Michael lontano dal campo operativo e porta Nikita ad avvicinarsi ad Owen Elliot. Amanda è il nuovo nemico n.1: infatti, dopo essere riuscita a fuggire in compagnia di Ari Tasarov alla fine della scorsa stagione, adesso si ritrova nel ruolo che fu di Nikita nella prima stagione ovvero come sabotatrice della Divisione per vendetta. Amanda acquisterà sempre più potere e losche amicizie tra i criminali e i terroristo meglio addestrati del Paese e porterà Nikita ad un importante punto di svolta nella sua vita, nella quale la giovane donna farà qualcosa che la macchierà a vita (e davanti a tutto il mondo) come un'assassina.