Le parole profetiche dell'alieno risuonano in questa IV stagione, a cominciare dalla quasi morte della madre di Mulder e dall'omicidio del misterioso X. Il ritorno di Alex Krycek e dell'alieno olio nero sono offuscati dal cancro di Scully. La tragica ricomparsa di Max Fenig causa la morte di un altro agente dell'FBI. Mulder va in crisi di fede dopo che a Scully viene rivelata un'allarmante verità.