La squadra viene affiancata dall'agente speciale della sezione cyber dell'NCIS Ned Dorneget quando una guardia marina che lavorava all'Intellicence viene assassinata. Le indagini portano alla scoperta di un'organizzazione di reclutamento di giovani terroristi fra i quali si cela anche l'assassino, un giovane adolescente. Gibbs dopo averlo individuato cerca di farlo ragionare spingendolo ad arrendersi ma questo finisce per suicidarsi con una bomba che provoca una grande esplosione, nella quale anche Gibbs viene coinvolto, che termina l'episodio con cliffhanger.