La squadra di Gibbs è chiamata ad investigare su una morte avvenuta sulla nave della Marina Statunitense Chimera, che si occupa di ricerche top-secret navigando in mezzo all'oceano. Dopo l'arrivo sulla nave, scoprono il corpo abbandonato di uno scienziato morto di febbre emorragica. Sospettano di non essere soli sulla nave. La loro indagine è resa ancor più complicata dalla reticenza della Marina, di rilasciargli informazioni sulle ricerche che si svolgevano sulla Chimera. Comunque, scoprono velocemente che a bordo della Chimera non si svolgono ricerche, bensì la nave trasporta missili nucleari da guerra sottratti all'esercito russo. Alcuni mafiosi russi cercheranno di salire a bordo della Chimera e di appropriarsi dei missili.