휴대전화의 정체를 알 수 없는 목소리에 이끌려 디지털 세계에 오게 된 다섯 명의 아이들이 그 옛날 루체몬 밑에서 신음하던 디지털 월드를 구해냈다는 전설의 열 명의 용사들이 남긴 스피릿을 찾아내 디지바스에 저장하고 위기가 닥쳐오면 스피릿을 불러내 그 데이터를 몸에 휘감음으로써, 아이들 자신이 디지몬으로 진화한다. 우연히 우정훈(칸바라 타쿠야)가 아그니몬으로 진화하는 모습을 목격한 볼록몬과 네이몬은 케루비몬으로 인해 황폐해진 디지털 세계에 평화를 되찾아 달라고 부탁하고, 아이들은 부탁을 받아들여 자신들과 적대 관계에 있는, 또 다른 용사의 스피릿을 이어받은 5명의 디지몬들과 싸우며 디지털 세계를 여행하게 된다.