1999년의 모험으로부터 3년이 지난 후인 2002년, 디지몬 세계는 '디지몬 카이저'라는 소년에게 지배당했다. 디지몬 카이저는 진화를 억제하는 어둠의 탑과 디지몬을 조종할 수 있는 검은 고리를 사용해서 디지몬들을 제멋대로 부려먹었고, 새롭게 선택받은 아이들이 이전의 선택받은 아이들인 선배들의 도움을 받으며 디지몬 카이저와 맞서 싸운다. 디지몬 카이저의 소굴에 쳐들어간 산해 일행은 강대한 키메라몬의 힘 앞에 위기를 맞이하지만, 카이저의 파트너 디지몬인 추추몬이 망가지는 카이저를 더 이상 참지 못하고 매그너몬을 구해낸 뒤 자신의 에너지를 넘겨주고 사망한다. 본모습인 서정우로 되돌아온 카이저는 슬퍼하며 현실 세계로 돌아와 힘없이 과거 형이 살아있을 때 상황을 회상한다. 그리고 다시 디지몬 세계로 가서 행복의 마을에서 부활한 추추몬과 재회하고 형에게 품은 집착을 버리고 완전히 개심하여 예전 모습으로 돌아오게 된다.