In het jaar 1999 opende een team van VN-wetenschappers, in een poging om een nieuwe energiebron aan te boren op een verlaten eiland genaamd Samsara, onbewust een portaal naar een ander universum, waardoor sluimerende biomechanische entiteiten vrijkwamen. Drie jaar later keert Takuya Goroza terug naar het eiland Sansara, aangespoord door een mysterieus verzoek van studiegenoot Haruka Alford. Hij weet niet dat zijn oude vriend niet is wat hij lijkt te zijn...