Het verhaal speelt zich af in 2015, in een tijd waarin magie nog steeds een grote plaats inneemt in het hart van de samenleving. Om de mensheid te beschermen observeert de Caldea-organisatie zorgvuldig magische en wetenschappelijke bewegingen, evenals de toekomst van de wereld. Maar op een dag lijkt de toekomst na het jaar 2017 plotseling te verdwijnen. Om de oorzaken te achterhalen besluit de organisatie onderzoekers, de “Grand Order”, op een symbolische missie naar het verleden te sturen.