Nadat inspecteur Zenigata is overgeplaatst uit de Lupin-zaak en moedeloos wordt, besluit meesterdief Lupin de Derde hem te helpen zijn oude baan terug te krijgen, waarbij hij samenwerkt met de oude man om de internationale wapensmokkelaars Shot Shell te vernietigen. Samen met Lupins oude partners in crime stelen ze een Russische nucleaire onderzeeër en roepen ze de hulp in van een kernfysicus genaamd Karen, die Lupins partner Jigen argwanend in de gaten houdt. Als dat nog niet genoeg is, is de opvolger van Zenigata voor Interpol een huurmoordenaar die de Lupin-bende één voor één wil uitschakelen.