被称作“学园都市”的东京西部的巨大都市中,进行着超能力的开发。在此接受特殊课程而或的能力的学生被分为“无能力(Level 0)”到“超能力(Level 5)”等六个阶段,位于顶点的就是七名的“超能力(Level 5)”。其中御坂美琴是能够自由操纵电力的“电击使”中最上位的能力者,拥有“超电磁炮”异名的她是在常盘台中学就读的14岁女子中学生。作为后辈,同时是“风纪委员”的白井黑子,景仰大小姐的初春饰利,和她那喜欢都市传说的朋友佐天泪子。这样的同伴们一起过着和平但又有点奇妙的日常生活,但突然之间学园都市的“黑暗”逼近了。