在墨瓦腊泥加等着巴纳吉与米妮瓦的是巴纳吉的曾祖父──赛亚姆・毕斯特,其正是宇宙世纪元年时,参与炸毁地球联邦政府首相官邸恐怖行动的犯人,而他用那时得手的宇宙世纪宪章,以「拉普拉斯之盒」之名与联邦政府交易。但是,赛亚姆忧心着陷入僵直情况的联邦,因此与自己的孙子──卡帝亚斯一同合作,将拥有能辨识出真正新人类机能的独角兽高达当作钥匙,尝试找寻能够将世界的未来托付给他之人。与米妮瓦一同跨越这个试炼的巴纳吉,从赛亚姆手中接下「盒子」,并想要为了大家去使用它。但是,弗尔・伏朗托却也出现在密室,并主张自己才是「盒子」的正统继承者。巴纳吉与伏朗托,两人围绕着「盒子」的最终决战即将来临。