Finch, Reese, Fusco et Shaw s'embarquent pour une dernière mission pour empêcher Samaritain de détruire la Machine et de consolider son emprise sur l'humanité. Shaw se rend sur la tombe de Root pour un dernier adieu. Reese et Lionel sont à deux doigts de disparaitre pour toujours quand le chef de la police finit par comprendre que John est en fait l'homme en costume. Ils sont sauvés par l'intervention de Finch. L'équipe se sépare en deux, Lionel et Shaw restent avec la Machine pour la protéger, tandis que Reese et Finch tentent de détruire une copie de sauvegarde de Samaritain. Finch dit adieu à son ami Reese. Blessé, il hallucine qu'il voit Root, au moment où Reese sacrifie sa vie. Shaw venge enfin la mort de Root...