Depuis que la colonie spatiale d'Héliopolis, située dans le pays neutre d'Ort, a été attaquée, le jeune Kira Yamato, à bord du Strike Gundam, a entamé une fuite désespérée aux côtés du Archangel. Pour échapper à la poursuite implacable de l'armée ZAFT, Kira retrouve à plusieurs reprises son ancien ami, Athrun, sur le champ de bataille. Les deux, pris dans une situation inextricable, sont tourmentés intérieurement, subissant d'innombrables tourments. Les souvenirs défilent comme un film, jusqu'à ce qu'ils arrivent au présent, se préparant à affronter un avenir incertain.