Les agents du NCIS sont héliportés sur un bateau de recherches navales top-secret afin d'enquêter sur un décès. Sur place, ils découvrent que le navire a été abandonné par l'équipage. Ducky examine le défunt, un biologiste marin qui a succombé à une fièvre hémorragique virale très contagieuse. La directrice du NCIS tente d'en savoir plus sur les travaux de la victime mais se heurte au secret défense.