Il Dottore, rivedendo le numerose immagini riprese con il suo scanner olografico, scopre di aver eseguito 18 mesi prima un'operazione chirurgica su Kim della quale non ha nessun ricordo! Ben presto il Dottore si rende conto che qualcuno ha manipolato i dati contenuti nel suo buffer di memoria a breve termine. Sospettando una cospirazione dell'equipaggio, il Dottore inizia ad investigare, scoprendo che il responsabile dei suoi vuoti di memoria è proprio il Capitano Janeway. Janeway, tuttavia, ha agito per impedire un danno irreparabile. Infatti, in seguito ad un attacco alieno il Dottore era stato costretto a scegliere chi salvare tra Kim e un'altra guardiamarina, entrambi gravemente feriti. Questa decisione aveva fatto emergere delle subroutine emozionali nel suo programma, causando un grave conflitto di sistema.